基建物资及设备进口免征进口关税和进口环节税。

境内货物入区视同出口实行出口退税。

区内货物进入境内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际报验状态征税。

区内企业生产、加工并销往区外的保税货物，企业可以选择按其对应进口料件或者按实际报验状态缴纳进口关税。

区内企业开展跨境电子商务网购保税进口业务可以享受跨境电子商务零售进口税收政策。

区内企业之间货物交易免征增值税、消费税。

区内企业从区外购进并用于生产耗用的水（包括蒸汽）、电力、燃气视同出口货物实行退税。

区内企业可以自愿申请成为增值税一般纳税人资格试点企业。

区内保税存储货物不设存储期限。

进口货物入区保税。

区内企业之间保税货物可以自由流转。

可以开展进口汽车保税存储、展示等业务。

区内加工制造企业可利用剩余产能承接境内区外委托加工。

区内实施企业自主备案、合理自定核销周期、自主核报、自主 补缴税款并简化海关业务核准手续。

区内新设的研发设计、加工制造企业，经评定符合有关标准的，直接赋予最高信用等级。

除禁止进境的外，区内企业从境外进口且在区内用于研发的货物、物品，免于提交许可证件，进口的消耗性材料根据实际研发耗用核销。

区内企业进口的医疗器械用于研发、展示的，可不办理相关注册或备案手续。

区内企业从境外进口已获批的人用疫苗或体外诊断试剂，可在具备必要监管查验条件的综合保税区内查验。境外入区的食品，如需检测的，在抽样后即放行，对境外入区动植物产品的检验项目，实行“先入区、后检测”，根据检测结果进行后续处置。

对注册在综合保税区内的融资租赁企业进出口飞机、船舶和海洋工程结构物等大型设备，不具备实际入区条件的，可实行海关异地委托监管。

允许非保税货物以非报关方式进入综合保税区，与保税货物集拼、分拨后，实际离境出口或出区返回境内。